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转录组+宏基因组

标题：Effects of Low-Dose Antibiotics on Gut Immunity and Antibiotic Resistomes in Weaned Piglets低剂量抗生素对断奶小猪肠道免疫和抗生素耐药的影响

时间：2020-06-10

期刊：Frontiers in Immunology

2021影响因子：IF 7.561

技术平台：RNA-seq、宏基因组、ELISA

摘要：在本研究中，主要研究分析了连续4周低剂量抗生素 (LDA) 处理对断奶小猪宿主免疫和抗生素耐药性的影响。回肠组织的转录组学分析显示，受影响的基因在先天免疫相关通路中大量富集，炎症因子IFN-γ、IL-6表达则显著降低。此外，对抗生素耐药性的分析表明，共有1021个抗生素耐药基因(ARGs)与39类抗生素耐药性有关。结肠和回肠样品经LDA处理后，ARGs和可移动遗传元件（MGE）的结构组成和多样性无显著差异。尽管如此，两种可转移性ARGs[Erm(T)和tcr3]的丰度仍有显著变化，这意味着可转移性抗生素耐药性的风险增加。LDA暴露后，结肠样本和回肠样本中一种病原菌的丰度有显著变化，但匹配的ARGs没有显著差异。总的来说，研究人员的研究揭示了肠道免疫相关基因的在低剂量抗生素影响下的显著变化，但在暴露于LDA 4周后，对断奶小猪肠道抗生素耐药相关基因（ARG和MGEs）的影响微乎其微。本研究为评估LDA使用的长期累积效应，特别是LDA传播对抗生素耐药性和幼仔健康风险的影响提供了基础。

02

微生物组+转录组+代谢组

标题：Inter-correlated gut microbiota and SCFAs changes upon antibiotics exposure links with rapid body-mass gain in weaned piglet model. 在断奶小猪模型中，抗生素暴露引起的肠道微生物群和SCFAs变化与体重快速增加有关。

时间：2019-12

期刊：The Journal of Nutritional Biochemistry

2021影响因子：IF 6.048

技术平台：16S rRNA扩增子测序、RNA-seq、靶向代谢组

摘要：研究人员将28头21天大小的断奶小母猪随机分为对照组和添加LDA组，4周后通过16S rRNA扩增子测序和qCPR测定肠道菌群和总菌量，进一步采用UPLC-QTRAP-MS/MS和RNA-seq技术检测结肠短链脂肪酸（SCFAs）和转录组。动物营养学实验结果显示LDA组显著提高食物摄入量和生长速度，表明LDA暴露改善了碳水化合物的消化水平和能量利用程度。此外多组学建模相关性分析揭示LDA暴露后有助于产生SCFAs的微生物群富集，己酸盐、Faecalibacterium菌、Allisonella菌均与和四个差异表达基因（ZNF134、TBX5、NEU4和SEMA6D）呈显著正相关。研究结果表明，生命早期LDA暴露的促生长作用与结肠菌群变化有关。

03

环境微生物组