发表文献 (部分) 

01

转录组+宏基因组

标题：Effects of Low-Dose Antibiotics on Gut Immunity and Antibiotic Resistomes in Weaned Piglets低剂量抗生素对断奶小猪肠道免疫和抗生素耐药的影响

时间：2020-06-10

期刊：Frontiers in Immunology

2021影响因子：IF 7.561

技术平台：RNA-seq、宏基因组、ELISA

摘要：在本研究中，主要研究分析了连续4周低剂量抗生素 (LDA) 处理对断奶小猪宿主免疫和抗生素耐药性的影响。回肠组织的转录组学分析显示，受影响的基因在先天免疫相关通路中大量富集，炎症因子IFN-γ、IL-6表达则显著降低。此外，对抗生素耐药性的分析表明，共有1021个抗生素耐药基因(ARGs)与39类抗生素耐药性有关。结肠和回肠样品经LDA处理后，ARGs和可移动遗传元件（MGE）的结构组成和多样性无显著差异。尽管如此，两种可转移性ARGs[Erm(T)和tcr3]的丰度仍有显著变化，这意味着可转移性抗生素耐药性的风险增加。LDA暴露后，结肠样本和回肠样本中一种病原菌的丰度有显著变化，但匹配的ARGs没有显著差异。总的来说，研究人员的研究揭示了肠道免疫相关基因的在低剂量抗生素影响下的显著变化，但在暴露于LDA 4周后，对断奶小猪肠道抗生素耐药相关基因（ARG和MGEs）的影响微乎其微。本研究为评估LDA使用的长期累积效应，特别是LDA传播对抗生素耐药性和幼仔健康风险的影响提供了基础。

02

微生物组+转录组+代谢组

标题：Inter-correlated gut microbiota and SCFAs changes upon antibiotics exposure links with rapid body-mass gain in weaned piglet model. 在断奶小猪模型中，抗生素暴露引起的肠道微生物群和SCFAs变化与体重快速增加有关。

时间：2019-12

期刊：The Journal of Nutritional Biochemistry

2021影响因子：IF 6.048

技术平台：16S rRNA扩增子测序、RNA-seq、靶向代谢组

摘要：研究人员将28头21天大小的断奶小母猪随机分为对照组和添加LDA组，4周后通过16S rRNA扩增子测序和qCPR测定肠道菌群和总菌量，进一步采用UPLC-QTRAP-MS/MS和RNA-seq技术检测结肠短链脂肪酸（SCFAs）和转录组。动物营养学实验结果显示LDA组显著提高食物摄入量和生长速度，表明LDA暴露改善了碳水化合物的消化水平和能量利用程度。此外多组学建模相关性分析揭示LDA暴露后有助于产生SCFAs的微生物群富集，己酸盐、Faecalibacterium菌、Allisonella菌均与和四个差异表达基因（ZNF134、TBX5、NEU4和SEMA6D）呈显著正相关。研究结果表明，生命早期LDA暴露的促生长作用与结肠菌群变化有关。

03

环境微生物组

标题：Effects of co-contamination of heavy metals and total petroleum hydrocarbons on soil bacterial community and function network reconstitution重金属和石油烃污染对土壤微生物群结构和功能的影响

时间：2020

期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety

2021影响因子：IF 6.291

技术平台：16S rRNA、ICP

摘要：本研究对两种不同污染类型的重金属-TP复合污染土壤的微生物群变化进行了研究。采用NGS测序方法分析微生物群落结构和预测群落功能，建立了揭示微生物与环境污染物相互作用的关联网络。结果表明，重金属和TPH污染降低了土壤微生物群落的alpha多样性和OTUs数量。TPH污染物组变形菌门显著增加，包括单胞菌属、鞘脂单胞菌科和伯克氏菌科。此外，基于KEGG数据库的功能结构分析表明该组菌群中苯的物质代谢和细菌的运动性功能富集提升。Cr-Pb-TPH复合污染物增加了厚壁菌门的丰度，链球菌属和杆菌类的相对丰度显著上升。在土壤污染严重的情况下，高浓度的重金属和TPH污染物对细菌的破坏使微生物群的DNA复制功能得到了富集。此外，根据微生物与污染物的相关性分析，推荐链球菌、奈瑟菌、气单胞菌、卟啉单胞菌和不动杆菌作为Cr和Pb污染土壤的备选生物修复菌，而Syntrophaceae spp.和Immundisolibacter作为TPH污染土壤的备选生物修复菌。

04

表观组+转录组

标题：Epigenetic and transcriptional signatures of ex situ conserved golden snub-nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana) 迁地保护金丝猴（Rhinopithecus roxellana）的表观遗传和转录特征

时间：2019-09

期刊：Biological Conservation

2021影响因子：IF 5.990

技术平台：RRBS、RNA-seq

摘要：采集野生和圈养金丝猴的血液样本，研究人员使用简化甲基化RRBS和转录组RNA-seq进行测序分析，发现圈养组金丝猴的DNA甲基化和基因表达与野生组相比均存在显著差异，这和人类圈养组金丝猴的特定食物供应和圈养环境与管理措施有关。KEGG通路分析显示，差异表达基因在广泛的生理功能通路中富集，且大部分与免疫和代谢功能相关，特别是自噬相关通路中的一组核心基因如ATP6V0A1和PPM1D均存在相关联的差异DNA甲基化和基因表达。研究结果表明，迁地保护金丝猴对人类干预保护表现出明显的表观遗传和转录适应，这一结果为未来生物标志物的开发提供基础，表观遗传和转录特征或可用于濒危动物物种迁地保护计划中的风险评估。

05

表观组+转录组

标题：A 17 gene panel for non-small -cell lung cancer prognosis identified through integrative epigenomic-transcriptomic analyses of hypoxia-induced epithelial–mesenchymal transition通过缺氧诱导的上皮间充质转化全基因组表观遗传修饰及转录调控关联分析确定NSCLC预后的17个gene panel

时间：2019

期刊：Molecular Oncology

2021影响因子：IF 6.603

技术平台：MeDIP-seq、hMeDIP-seq、ChIP-seq、RNA-seq

摘要：研究人员分别对在正常和缺氧条件下的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系进行全基因组表观遗传修饰和转录表达测序分析，分析显示低氧诱导A549和HCC827细胞的上皮间充质转化（EMT）以及表观遗传修饰和转录基因表达均呈现动态改变。最后，研究人员确定了17个基因组成的panel，包括参与EMT、缺氧反应、糖代谢和表观遗传修饰基因。这17个gene panel能够清楚地将非小细胞肺癌患者分为三组，三组NSCLC患者的总生存期存在明显差异。本研究可能可以作为进一步选择非小细胞肺癌基因标志物的基础，对NSCLC患者的预后分层具有潜在指导作用。

06

表观组+转录组

标题：Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development纵向转录组分析揭示了m6A甲基化修饰在猪胚胎期骨骼肌发育中的重要作用

时间：2020

期刊：Journal of Genetics and Genomics

2021影响因子：IF 5.065

技术平台：m6A-seq（MeRIP-seq）、RNA-seq、IGF2BP1 RIP-seq

摘要：m6A是最丰富的一类mRNA修饰，可以促进骨骼肌的发育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的状态和功能仍不清楚。研究人员首先证明METTL14（一种m6A甲基转移酶）沉默可抑制成肌细胞的分化，促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq（MeRIP-seq）测序方法，对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析，结果显示：胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化，且大多数受影响的基因在与骨骼肌发育相关的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq证实了胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)靶向与骨骼肌发育相关通路的76个基因，包括关键肌肉发育标记基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介导的 IGF2BP1沉默可抑制成肌细胞分化，促进其增殖，类似于METTL14 沉默所观察到的表观遗传变化。本研究不仅阐明了肌肉发育中m6A甲基化的动力学，且确定了参与猪胚胎期骨骼肌发育基因表达的关键基因。

参考文献：

1、Hu, Q. , Liu, C. , Zhang, D. , Wang, R. , Qin, L. , Xu, Q. , Che, L. , & Gao, F. Effects of Low-Dose Antibiotics on Gut Immunity and Antibiotic Resistomes in Weaned Piglets. Frontiers in Immunology, 2020, 11.

2、Che, L. , Hu, Q. , Wang, R. , Zhang, D. , Liu, C. , Zhang, Y. , Xin, G. , Fang, Z. , Lin, Y. , Xu, S. , Feng, B. , Chen, D. , Wu, D. , & Gao, F. Inter-correlated gut microbiota and SCFAs changes upon antibiotics exposure links with rapid body-mass gain in weaned piglet model. The Journal of Nutritional Biochemistry, 2019, 74: 108246.

3、Li, Q. , You, P. , Hu, Q. , Leng, B. , Wang, J. , Chen, J. , Wan, S. , Wang, B. , Yuan, C. , Zhou, R. , & Ouyang, K. Effects of co-contamination of heavy metals and total petroleum hydrocarbons on soil bacterial community and function network reconstitution. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2020, 204: 111083.

4、Zhang, D. , Hu, Q. , Hu, Y. , Zhang, Y. , Zhang, Y. , Cui, P. , Zhou, Y. , Liu, X. , Jiang, J. , Yang, L. , Yu, H. , Yao, H. , Zhao, Y. , Liu, X. , Liang, Y. , Zou, K. , Tao, J. , Li, D. , Liu, X. , Zhang, Y. , & Gao, F. Epigenetic and transcriptional signatures of ex situ conserved golden snub-nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana). Biological Conservation, 2019, 237: 175-184.

5、Yue-Lei Chen, Yihe Zhang, Junwen Wang, Na Chen, Weiying Fang, Jianing Zhong, Yi Liu, Rui Qin, Xinxin Yu, Zhongsheng Sun, Fei Gao. A 17 gene panel for non-small -cell lung cancer prognosis identified through integrative epigenomic-transcriptomic analyses of hypoxia-induced epithelial–mesenchymal transition. Molecular Oncology, 2019 07;13 (7)

6、Xinxin Zhang , Yilong Yao, Jinghua Han, Yalan Yang, Yun Chen, Zhonglin Tang, Fei Gao. Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. Journal of Genetics and Genomics,

Volume 47, Issue 8, August 2020, Pages 466-476