m6A是RNA上最丰富的一种修饰，平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域；可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。

大样本量m6A-QTL性状关联分析，传统MeRIP单个样品价格高，通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术，显著提成IP平行性，实现不同样本间相对定量，降低检测成本。

 

易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术：

Ø  m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序（MeRIP-seq）

Ø  m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序（lnc-MeRIP-seq）

Ø  m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序（Micro-lnc-MeRIP-seq）

Ø  高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序（MeRIP-seq2）

 

技术优势：

Ø  起始量低：样本起始量可降低至10-20μg，最低仅需1μg总RNA；

Ø  转录组范围内：可以同时检测mRNA和lncRNA；

Ø  样本要求：可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测；

Ø  重复性高：IP富集重复性高，最大化降低抗体富集偏差

Ø  应用范围广：广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。

 

研究方向：

m⁶A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究

Ø  疾病发生发展：肿瘤、代谢疾病（如肥胖/糖尿病）、神经和精神疾病（如阿尔兹海默症/抑郁症）、炎症…

Ø  发育和分化：早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老

Ø  环境暴露与响应：污染、抗逆、生活方式

 

技术路线：

实验策略

样本及送样要求

样本类型：组织或提取总RNA

样本总量：≥20μg

样本浓度：建议≥250 ng/μL

样本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些来源样本（如体液样本，昆虫样本，水生生物样本等）无RIN和Ratio28S/18S要求

项目周期： 35个工作日

技术选择

分析内容

注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持

经典案例

MeRIP-seq等组学研究揭示RNA去甲基化可以提高水稻和马铃薯的产量和生物量

RNA demethylation increases the yield and biomass of rice and potato plants in field trials

1、背景：

m6A是植物正常发育所必需的，在调控植物生长发育中起到重要作用。FTO是动物RNA去甲基化酶，具有调控发育的功能，在植物中没有同源蛋白。

2、方法：

分别从15日龄水培实验的野生型WT（Nipp）、FTO 失活表达（FTOmut）、FTO 表达植物的等量（1g）嫩茎和根中提取分离Poly(A) RNA和加标对照（5pg），并进行m6A-MeRIP测序和转录组RNA-seq。

3、结论：

本研究中，作者在粮食作物水稻和经济作物马铃薯中引入FTO，实现针对RNA修饰m6A去甲基化。结果显示在温室环境中，RNA去甲基化酶FTO表达使水稻产量增加3倍以上。田间试验结果显示，FTO表达的水稻和马铃薯产量和生物量都显著增加约50%。进一步研究发现，FTO表达可显著促进水稻根分生组织细胞增殖和分蘖牙形成，增强光合作用，并具有抗旱能力。但对成熟细胞大小、嫩茎分生组织细胞增殖、根直径、株高或倍性没有影响。FTO介导了植物RNA中大量的m6A去甲基化：poly(A) RNA中约7%去甲基化，非核糖体核RNA中m6A甲基化下调约35%。深入研究其分子机理发现，FTO介导的m6A去甲基化可以促进染色质开放和激活转录，分别使叶片中约11000个基因和根里面约7000个基因表达上调，激活多个通路。这一结果也揭示染色质上RNA m6A甲基化对植物染色质状态和基因表达的重要作用。因此植物RNA m6A甲基化调控对显著改善植物生长和作物产量具有很好的应用前景。

参考文献：

Yu Q, Liu S, Yu L, Xiao Y, Zhang S, Wang X, Xu Y, Yu H, Li Y, Yang J, Tang J, Duan HC, Wei LH, Zhang H, Wei J, Tang Q, Wang C, Zhang W, Wang Y, Song P, Lu

Q, Zhang W, Dong S, Song B, He C, Jia G. RNA demethylation increases the yield and biomass of rice and potato plants in field trials. Nat Biotechnol.

2021 Dec;39(12):1581-1588.