真核转录组-mRNA测序（RNA-seq）
有参常规转录组（RNA-Seq）
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有RNA，可从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP（编码序列单核苷酸多态性），提供最全面的转录组信息。
转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种进行检测，提供更精确的数据，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
技术优势
1）检测应用范围广 ：可用于任意已知基因组序列物种，高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本；2）分析可靠性高：可进行全基因组mRNA分析，同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并精确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域；
3）单碱基分辨率：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
无参转录组测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。在常规转录组分析中需要将reads比对到参考基因组，目前参考基因组已知的物种较少，这使得应用转录组分析受到一定的限制。无参转录组测序分析可以在没有参考基因组的前提下对转录组测序进行分析，可以解决没有参考基因组的问题。
在获得测序的reads后，将该reads组装成转录本，之后在各大数据库中对转录本进行注释，获得转录本详细信息，进一步进行功能富集分析等操作。
技术优势
1）应用范围广 ：适用于任何没有参考基因组的真核物种；
2）注释信息丰富 ：通过与各大蛋白质数据库比对，获得较完整的转录本注释信息，并预测该转录本的信号肽区域和判断该转录本是否为跨膜蛋白；
3）富集分析完整：能提供完整的GO富集分析和KEGG富集结果。
实验策略：
分析内容：
送样要求：
经典案例：
各组织细胞转录本表达量（左）
在肢体组织中表达量较高的基因在其他组织中表达情况（右）
分析肢体中转录本表达量相比较其他组织高的转录本,共有159转录本(151基因)。其中表达量差异最大的是kazald1,该基因在肢体组织被切除前几乎检测不到,切除后表达量迅速提高,并且痊愈后表达量恢复正常水平。
为研究kazald1基因对肢体再生的影响,用吗啉代处理,减弱Kazald1的说明kazald1在肢体再生过程中发挥关键作用。
肢体再生对照图
参考文献：
① DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.063
