疾病分子标志物研究解决方案
Disease molecular markers
分子诊断领域正处于从单分子诊断到多分子诊断，再到多组学联合诊断的演进阶段。本研究方案提供一站式服务，涵盖多组学分析及分子标志物靶点筛选。此外，我们亦提供多组学联合标志物检测技术服务，旨在实现更精确的人群分层和疾病过程解析，标志着分子标志物研究向更精准、多维度的方向发展。
疾病分子标志物研究方案
1.队列：包括对照组与疾病组的比较，如预后好与预后差、疾病I与疾病II等。
2.样本：从队列中收集不同类型的生物样本，如血浆、血清、粪便、组织、尿液等。
3.多组学检测：对收集的样本进行多组学层面检测，包括表观基因组、基因组、蛋白组、代谢组、脂质组、宏基因组等。
4.数据预处理：对检测得到的数据进行预处理，包括数据评价、数据清理与填补、协变量校正等。
5.统计与生信分析（单组学分析）：对单一组学的数据进行统计和生物信息学分析，包括：
o临床信息统计
o分子表达及轮廓差异分析
o特征及组合筛选
o诊断模型构建及评价
o风险因素分析
o临床指标关联分析
o分子功能与通路分析
6.统计与生信分析（多组学整合）：将不同组学的数据进行整合分析，包括：
o整合特征及组合筛选
o诊断模型构建、评价及比较
o表达及功能相关性分析
组合产品
表观基因组+转录组；
蛋白组+代谢组+微生物组等；
表观基因组+转录组+基因组等；
表观基因组+基因组+代谢组等；
……（易基因提供方案设计协助）
应用领域
各种疾病的鉴别、预后、预测等分子标志物的筛选发现
研究案例
（1）表观基因组+转录组深入研究宫颈癌发生发展的表观遗传生物标记物。
易基因与客户合作，深入研究宫颈癌的发生和发展。选择从健康宫颈到CIN到CC的一系列样本，通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS-seq）、氧化亚硫酸盐测序（oxWGBS-seq）、RNA测序和组蛋白修饰数据的综合分析，揭示宫颈癌特异性的潜在表观遗传生物标记物。
图1：与DMR和DhMR的相关基因
图2：甲基化/羟甲基化与基因组变化的多组学综合分析
（2）全基因组DNA甲基化综合分析揭示前列腺癌死亡率的预后表观遗传生物标志物
本研究利用WGBS全面绘制前列腺癌患者根治性前列腺切除术后组织的DNA甲基化图谱，并在独立队列中验证差异甲基化区域（DMR）。通过与公共数据集比较，建立包含18个基因的预后panel，显著提高PCSM的预测准确性。
图：非致死组和致死组患者之间的整体和位点特异性甲基化差异
参考文献：
1) Han Y, et al. An epigenomic landscape of cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer using single-base resolution methylome and hydroxymethylome. Clin Transl Med. 2021 Jul;11(7):e498. doi: 10.1002/ctm2.498. PubMed PMID: 34323415.
2) Pidsley R, et al. Comprehensive methylome sequencing reveals prognostic epigenetic biomarkers for prostate cancer mortality. Clin Transl Med. 2022 Oct;12(10):e1030.
