植物简化基因组甲基化（Plant-RRBS）
DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生（H=A，T或C），甲基化转移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活，修饰状态的改变可能产生具有不同表型状态的表观等位基因。
全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）是植物甲基化检测金标准。RRBS在哺乳动物甲基化检测中广泛应用，但对植物基因组C碱基甲基化检测覆盖度极为有限。易基因研究团队创建的双酶切DRRBS（Plant-RRBS）被同行研究证明，对于大基因组或植物群体基因组甲基化的检测极为有效，胞嘧啶覆盖广泛。
技术优势
精确度高：
在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率。
2
重复性好：
多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%，适用于多样本间的差异分析。
3
性价比高：
测序区域针对高CpG区域，数据利用率更高。
4
原创技术：
双酶切DRRBS原创技术；发表BMC genomics；陶谦教授极力推荐。
信息分析
技术开发：
1、背景：基于RRBS位点覆盖缺陷性，研发更具代表性的简化基因组甲基化测序技术。
2、方法：通过几十种不同的限制性内切酶模拟评估，筛选MspI、ApekI和DpnII等酶切组合应用于动物、植物样本基因组甲基化检测，提高CG、CHG和CHH位点的覆盖度。
3、结论：双酶切RRBS可以显著提高哺乳动物基因组，特别是调控区域的CG位点覆盖度，对于MRD检测更加准确；Plant-RRBS对于植物基因组甲基化检测而言，与全基因组甲基化检测相比，可分析位点相当，但是测序深度更高。
参考文献
1. Junwen Wang, et al. Double restriction-enzyme digestion improves the coverage and accuracy of genome-wide CpG methylation profiling by reduced representation bisulfite sequencing, BMC Genomics. 2013 Jan 16;14:11.
2. Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS, a bisulfite and next-generation sequencing-based methylome profiling method enriching for coverage of cytosine positions, BMC Plant Biol. 2017 Jul 6;17(1):115.
3. Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS: DNA Methylome Profiling Adjusted to Plant Genomes, Utilizing Efficient Endonuclease Combinations, for Multi-Sample Studies, Methods Mol Biol. 2020;2093:65-80.
