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ac4C乙酰化RNA免疫沉淀测序（acRIP-seq）
m5C RNA甲基化测序（m5C MeRIP-seq）
技术路线：
实验策略：
分析内容：
送样要求：
典型案例
NSUN2介导的m5C RNA甲基化通过促进PFAS mRNA稳定性和表达来决定视网膜母细胞瘤的进展
NSUN2-mediated m5C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression
背景
NSUN2介导的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰通过激活癌基因或抑制肿瘤抑制因子参与多种肿瘤的细胞增殖和侵袭。m5C在RNA代谢中起重要作用，对于维持表观基因组稳态至关重要。然而，m5C修饰在致癌过程中的作用尚未完全明确。
方法
本研究通过视网膜母细胞瘤（RB）细胞和临床样品中的mRNA分离和抗m5C dot blot试验检测全局和mRNA m5C水平。建立原位眼内异种移植模型以检查RB的致癌行为，并进行全基因组多组学分析以鉴定NSUN2的功能靶标，包括蛋白质组学分析，转录组筛选和m5C甲基化RNA免疫沉淀测序（m5C meRIP-seq）。此外进行了基于类器官的单细胞分析和基因相关性分析，以验证NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌级联反应。
结果
研究结果表明，NSUN2介导的m5C RNA甲基化在RB的致癌过程中促进嘌呤的生物合成。
1）与正常视网膜相比，RBs中的全局和mRNA m5C水平显著富集。
2）在RB样品和细胞系中NSUN2的肿瘤特异性表达增加。
3）在治疗上，NSUN2的靶向校正在体外和体内均对RB中表现出有效的治疗功效。
4）通过多组学分析，鉴定出嘌呤生物合成中的重要磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶（PFAS）是NSUN2的下游候选靶标。PFAS的重新引入在很大程度上逆转了NSUN2缺陷型RB细胞的抑制表型，表明PFAS是NSUN2的功能性下游靶标。
5）m5C reader蛋白ALYREF负责识别PFAS的m5C修饰，通过增强其RNA稳定性来增加其表达。
图：m5C meRIP-seq鉴定NSUN2的潜在RNA靶标
参考文献：
Zuo S,et al.NSUN2-mediated m5 C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression. Clin Transl Med. 2023 May;13(5):e1273. doi: 10.1002/ctm2.1273.
