目标区域捕获重亚硫酸盐甲基化测序(LHC-BS)
目标区域捕获重亚硫酸盐甲基化测序是通过设计相应的探针序列，特异性捕获感兴趣的基因组特定区域，捕获片段进一步通过重亚硫酸盐处理，经高通量测序检测目标区域的甲基化水平。该技术是大样本量，固定区域甲基化检测的首选，可广泛应用于临床样本甲基化特异性区域的鉴定以及与疾病相关的甲基化Bio-Marker的筛选和验证。
技术优势：
覆盖位点多：易基因团队研发技术，选用罗氏NimbleGen高质量杂交探针，捕获天然基因组DNA序列，覆盖所有已注释基因的启动子、CG岛等区域，可检测CG位点3M之多。基因核心调控元件如：启动子、增强子、CG岛以及CG岛边缘的CG位点覆盖均为850K芯片覆盖的近10倍。
检测范围广：除了覆盖CpG island、Gencode promoter和已知调控区域之外，还包含CpG 岛上下游 4kb范围内的“shores”和“shelves”区域，能覆盖已知的癌症特异DMR区域和组织特异性DMR区域。精确度高：单碱基分辨率。由于目标区域高度富集，测序具有高深度、均匀分布的特点，检测结果准确、可重复性高，与已发表的全基因组甲基化测序数据有高度一致性。
成本低：
通过捕获技术富集关键区域进行BS测序，减少非重要区域覆盖，降低测序量。
实验策略
信息分析
技术参数
样本要求项目周期：总量：不同样本需求不同，人类样本≥ 3μg， 样本浓度≥20ng/uL；
纯度： OD260/280 = 1.8~2.0；
完整性：DNA无明显降解，需提供凝胶电泳检测胶图。
可提供标准芯片：
①全基因组编码基因启动子芯片（TSS上游2k，下游500bp，NimbleGene 芯片）
②Agilent SureSelectXT Human Methyl-Seq芯片
项目周期：
20个样本以下标准流程的运转周期约为36个工作日。遇到样本数目较多时，项目周期需要与技术支持人员确定。
研究案例
基于液相杂交捕获的重亚硫酸盐测序的肝细胞癌DNA甲基化研究
Gao, F., et al. (2015). "Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach." Clin Epigenetics 7: 86.
1、背景：
全基因组重亚硫酸盐甲基化测序的测序成本较高，DNA甲基化的修饰研究往往只关注基因附近的区域，对基因组的区域进行选择性的捕获和重亚硫酸盐测序可以有效降低测序成本，并期望将其运用于癌症表观基因组学研究领域。
2、方法：
基于目标区域液相捕获的重亚硫酸盐测序技术，对肝细胞癌的启动子区DNA甲基化展开研究。
3、结论：
建立了基于全基因组启动子区域液相杂交捕获和重亚硫酸盐测序相结合的技术，并利用该技术研究了8个肝细胞癌患者癌和癌旁组织的全基因组启动子区域的DNA甲基化水平，共涉及到1.86 Mb的CpG位点。同时，结合基因表达数据和后期的大规模样本间验证，成功鉴定出了7个与肝癌发生和发展有关的差异甲基化基因。
8对肝细胞癌患者癌和癌旁组织的DNA甲基化聚类分析以及差异甲基化候选基因
