甲基化-免疫沉淀测序(MeDIP/6mA-IP)
哺乳动物中最主要的DNA修饰是5mC(5-甲基胞嘧啶),占人类DNA中总胞嘧啶的3%~6%。相反,5mC在原核生物中很少,而6mA(N6-甲基腺嘌呤,对应RNA上的修饰成为m6A,请注意区分)则是原核生物中最具代表性的DNA修饰,主要参与限制修饰系统(restriction-modification),保护个体免受外来DNA的侵入。尽管哺乳动物中缺乏已知的限制-修饰系统,但近年来的研究在真核生物,甚至包括哺乳动物和植物基因组中鉴定到了6mA,并发现6mA在生长发育和疾病调控中具有重要作用。
技术优势
检测范围广:在全基因组范围进行检测。
针对性强:针对基因组上有6mA修饰的区域进行检测,降低测序量,减少成本。
适用范围广:适用于大部分物种。
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表观组学|6mA免疫共沉淀测序(6mA-IP Seq)
甲基化DNA免疫沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)是通过运用5'-甲基胞嘧啶特异性抗体富集甲基化的DNA片段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域,从而比较不同细胞、组织等样品间的DNA甲基化差异。可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。
技术优势
检测范围广:全基因组范围鉴定甲基化修饰区域;
针对性强:针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域;
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表观组学|甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)