甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)

甲基化DNA免疫沉淀测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP-Seq）是通过运用5'-甲基胞嘧啶特异性抗体富集甲基化的DNA片段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找甲基化区域，从而比较不同细胞、组织等样品间的DNA甲基化差异。可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。

技术优势：
1）检测范围广：全基因组范围鉴定甲基化修饰区域；
2）针对性强：针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域；
3）成本低：大大降低了测序数据量，测序成本低。

实验策略：


分析内容：

送样要求：

研究案例：

猪脂肪和肌肉组织的甲基化组
Li, M. et al.An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues.Nat. Commun.3:850 doi: 10.1038/ncomms 1854 (2012).

1、背景
研究表明表观修饰因子，特别是DNA甲基化在肥胖发生的过程中发挥重要的作用。猪作为重要的动物模型，有助于研究人的代谢和肥胖。

2、方法
利用MeDIP-seq测序技术对来自于3种猪的8个脂组织和2个肌肉组织，共计180个样品进行甲基化修饰检测。系统性的研究DNA甲基化和肥胖之间的关系。

3、结论
构建了猪脂肪和肌肉的DNA甲基化图谱，鉴定了种间、性别和组织间的差异甲基化修饰区域（DMR），启动子区域的DMR通过抑制基因的表达与肥胖的发生有高度的相关性。

鉴定的差异甲基化修饰区域（DMR）

参考文献：
① DOI:10.1038/ncomms1854

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表观组学｜甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)

甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)

哺乳动物中最主要的DNA修饰是5mC(5-甲基胞嘧啶),占人类DNA中总胞嘧啶的3%～6%。相反,5mC在原核生物中很少,而6mA(N6-甲基腺嘌呤,对应RNA上的修饰成为m6A,请注意区分)则是原核生物中最具代表性的DNA修饰,主要参与限制-修饰系统(restriction-modification),保护个体免受外来DNA的侵入,尽管哺乳动物中缺乏已知的限制-修饰系统,但近年来的研究在真核生物,甚至包括哺乳动物和植物基因组中鉴定到了6mA,并发现6mA在生长发育和疾病调控中具有重要作用。该技术利用DNA 6mA修饰特异的抗体对基因组上发生6mA修饰的区域进行富集,结合高通量测序,对基因组上的6mA修饰进行定位。

技术优势：
1）检测范围广：在全基因组范围进行检测。
2）针对性强：针对基因组上有6mA修饰的区域进行检测,降低测序量,减少成本。
3）适用范围广：适用于大部分物种。

实验策略：

分析内容：

送样要求：

经典案例：

果蝇胚胎发育早期6mA图谱的绘制及6mA结合蛋白的鉴定
6mA-DNA-binding factor Jumu controls maternalto-zygotic transition upstream of Zelda

1、背景
在胚胎发育早期，合子基因组如何精确地被母本因子激活，从而实现正常的胚胎发育，是一个长期存在的问题。

2、方法
利用6mA-seq技术绘制了果蝇胚胎发育早期的6mA图谱，并通过6mA修饰区域的motif的分析，鉴定出胚胎发育早期关键的6mA结合蛋白。

3、结论
绘制了果蝇胚胎发育早期6mA图谱；6mA结合蛋白Jumu可能通过调节Zelda的表达而在合子基因组激活过程中起到重要作用。

参考文献：
① DOI:10.1038/s41467-019-10202-3

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表观组学｜6mA免疫共沉淀测序（6mA-IP Seq）