染色质可及性-转座酶易接近染色质测序（ATAC-Seq）
真核生物的DNA并不是裸露的，而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。而基因的转录，需要将这种高级结构解开，使DNA成为可以使各种转录机器与其结合的裸露状态，即形成开放染色质区域。如何鉴定开放染色质区域呢？传统的方法主要是借助和DNase-Seq、MNase-Seq及ChIP-seq。但这些方法需要的起始细胞量较大，对于少量样本和珍稀样本可行性不高。ATAC-Seq是一种新型的研究开放染色质的技术，利用Tn5转座酶进入并切割裸露的DNA，并同时连接上特异性的测序接头。因为切割和加接头一步完成，因此该技术可大大降低所需细胞起始量。
技术优势：
- 所需细胞起始量低
- 应用范围广，适用于大部分物种及细胞类型
实验策略：
信息分析：
技术参数：
样本要求：
取生长状态良好的细胞进行胰蛋白酶消化计数，保证细胞活率在85%以上;将细胞重悬在冻存液中,每个冻存管加入8~10万细胞（1ml冻存液即可。细胞数量不要太多，也不要太少，尽量在这个范围，否则效果都会有影响）;
将冻存管放入程序降温盒中直接放入-80度冰箱即可。
注意：
1.建议使用程序降温盒，一是可以减少操作步骤，二是效果要比传统的异丙醇要好，可以跟试剂商购买；
2.冻存液基本配方：50% FBS+40%完全培养基+10% DMSO（. DMSO浓度不要高于这个，否则会损坏细胞，导致死亡率增高）；
3.运输保证足够干冰，将细胞放入中间，避免增温导致细胞死亡。
研究案例：
ATAC-Seq分析显示年龄相关性黄斑变性患者的染色质可及性普遍降低Wang J, Zibetti C, Shang P, et al. ATAC-Seq analysis reveals a widespread decrease of chromatin accessibility in age-related macular degeneration[J]. Nature Communications, 2018, 9(1).
1、背景：
年龄相关性黄斑变性（AMD）是导致老年人视力丧失的主要因素，大多发生于45岁以上，其患病率随年龄增长而增高。目前AMD进程中表观遗传的改变尚不清楚。本文利用ATAC-Seq对AMD患者视网膜（retina）及视网膜色素上皮细胞（RPE）进行染色质易近性进行了研究。
2、方法：
利用ATAC-Seq技术鉴定AMD及正常组织的retina及RPE的开放染色质区域。另外，结合RNA-Seq技术对开放染色质区域与基因表达的关系进行分析。
3、结论：
将鉴定出的peak（开放染色质区域）分类得到retina特异、RPE特异及两者共有的peak，与不同组织比较（DNase-Seq数据），发现两者共有的peak大部分是组织特异的，retina及RPE特异的peak大多是组织特异的（下图1）。利用peak将样本分类，发现retina和RPE明显分开，正常组织和AMD也有分离的趋势（下图2）。
分别鉴定retina和RPE AMD早期vs正常组织以及AMD晚期vs AMD早期的差异开放染色质区域（AMD），表明retina染色质易近性主要在AMD早期到AMD晚期出现下降，而RPE染色质易近性主要在正常组织到AMD早期出现下降（下图3）。结合转录组分析表明，ATAC-Seq peak强度和基因表达呈现较强相关性，相关系数为0.51（下图4）。
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表观组学｜ATAC-Seq
