RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq)
RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。
RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序，在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析，揭示RNA分子与RBP互作（包括非编码RNA与蛋白互作）。RIP-seq是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调控靶点。
应用领域：
1）全转录组范围内揭示RNA分子与RBP互作
2）RNA与靶蛋白相互作用的验证
3）RBP与mRNA的互作分析
技术优势：
1）全转录组覆盖：可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
2）高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，检测转录本上更多的蛋白结合位点
3）高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音
4）多种商品化抗体，高效支持实验开展
实验策略：
分析内容：
送样要求：
案例解析：
SRSF6调控可变剪接促进肿瘤进展，为结直肠癌（CRC）提供治疗靶点
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
设计：
对311个CRC样本、癌症基因组图谱和基因表达综合数据库（GEO）数据库中SRSF6的表达进行全面分析。通过RIP-seq鉴定SRSF6调控的可变剪接（AS）及其结合位点，并通过凝胶迁移和微基因报告实验进行验证。
结果：
SRSF6在CRC样本中上调，并与不良预后相关，在体外和体内促进增殖和转移。鉴定出SRSF6调控的AS靶标，并揭示SRSF6结合位点。SRSF6通过直接结合到其23号外显子位点来调控ZO-1异常剪接，从而作为癌基因发挥作用。Indacaterol被鉴定为SRSF6抑制剂，以抑制CRC肿瘤发生。
结论：
SRSF6通过调控AS介导促进CRC进展，Indacaterol通过靶向SRSF6被定位为抗肿瘤药物。
RIP-seq鉴定SRSF6调控的AS事件和RNA结合motif
参考文献：
① Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
