原核转录组-原核转录组测序(mRNA+sRNA)

原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析,获得对生物性状影响较大的通路信息;通过预测基因的反义转录本,丰富基因组注释内容;研究sRNA对mRNA的相互作用,从分子调控角度解释生物性状之间的差异。

 

易基因针对检测原核菌个性化设计rRNA去除探针,利用高通量技术对原核细胞所产生的所有mRNA和sRNA(非编码RNA)进行测序。系统全面解析特定细胞所产生的mRNA和sRNA对生物性状的影响。




技术优势


1. 针对原核生物设计去除rRNA专属探针,rRNA去除效果好。

2。 同时分析sRNA与mRNA的互作关系,更加全面解读表达互作网络。




研究方向



原核转录组测序是专业针对原核微生物设计开展的转录组学研究。

Ø  基因表达量分析

Ø  差异基因鉴定

Ø  非编码RNA鉴定等




实验策略



信息分析




技术参数


研究案例


嗜水气单胞菌的原核转录组研究

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.


1.背景:

嗜水气单胞菌是鱼类运动性气单胞菌败血症的病原体。嗜水气单胞菌的发病机制是复杂的、多因素的,涉及粘附素、毒素和铁元素摄取系统等多种毒力因子。尽管不断有新的毒力因子被人们发现,但这种细菌的致病机制仍不清楚。


2.方法:

IolR是一种转录抑制因子,可以负向调节肌醇代谢活性。作者在养殖死亡的鲤鱼中分离出来嗜水气单胞菌NJ-35细菌,采用同源重组的方法构建了一株IolR基因缺失菌株,将ΔiolR突变体菌株与野生型菌株进行比较分析。对细菌在LB培养基上的生长情况进行评估,并进行转录组比较分析和qRT-PCR验证,以鉴定IolR在嗜水气单胞菌NJ-35中的功能。


3.结论:

本研究证实IolR通过下调嗜水气单胞菌RpmA的表达来抑制细胞的自聚集和生物膜形成,从而进一步减少与钙的接触机会,进而抑制凝集形成和生物膜的形成所需的细胞-细胞相互作用。这项研究对IolR在嗜水气单胞菌中的作用提供了理论基础,并为寻找治疗这种细菌感染的药物靶点提供了新的线索。




原核转录组分析表明差异表达基因大多涉及膜部分、转运、细胞代谢和信号转导等功能

 


参考文献:

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.

 




AraC-Type Regulator Rsp Adapts Staphylococcus aureus Gene Expression to Acute Infection

AraC型转录因子Rsp使金黄色葡萄球菌基因表达适应急性感染



1、背景:

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一种重要的人类病原体,可引起急性感染和慢性感染。而急性感染

的特征在于有明显的毒素产生,慢性感染则通常涉及生物膜形成。然而,金黄色葡萄球菌引起急性

和慢性感染的机制仍然不明确。


2、方法:

作者鉴定了一种调节蛋白Rsp,该调节蛋白属于AraC型转录调节因子家族的成员。当抑制主要的菌膜相关基因的

表达及菌膜形成时,Rsp可促进毒素的产生。


3、结论:

Rsp通过上调Agr及下调polysaccharide intercellularadhesin (PIA)来调节毒力影响。深入研究表明,Rsp通过结合 agrP2 

和icaADBC启动子,来促进Agr调控的PSMs 和α-toxin的表达,同时抑制PIA的产生。该研究表明Rsp调控子可作为

治疗金黄色葡萄球菌急性感染的一个潜在靶标。



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