外显子组测序（WES）
权威的突变鉴定软件：采用权威的GATK，muTect，VarScan2等软件更准确鉴定突变。
技术路线
分析内容
样本类型
人的细胞，组织，全血，总DNA等
建议总DNA起始量：5 μg，最低1 μg，浓度≥50 ng/μL(Qubit定量)
外显子组测序发现LDLR和APOA5罕见变异增加心肌梗塞风险
研究背景
心肌梗塞（Myocardial infarction，MI）是一种在全世界范围内致人死亡的常见原因，表现为一种复杂的遗传模式。当MI发生于人生早期（男性≤50岁发病，女性≤60岁发病），遗传因素是主要的风险因素。之前的研究发现，LDL（low-density lipoprotein）基因上的罕见变异增加单个家庭中的成员发生MI风险，而其常见变异与人群中的MI风险相关。该研究关注LDL基因上的罕见变异是否会增加人群在早期发生MI的风险。
研究结果
研究人员通过结合外显子组测序、基因芯片、靶向测序在大量疾病和对照样本的筛选与MI相关的罕见变异（需要至少10000样本量才能达到80%的统计功效）。研究人员再对筛选到的罕见变异（MAF<1%）进行分组，包括Nonsynonymous、Deleterious（PolyPhen）、Deleterious（broad）、Deleterious（strict）和Disruptive组，采用Burden检验法对这些罕见变异集合进行关联性分析找出与MI显著相关的罕见变异，最后通过计算OR值判断这些罕见变异导致MI的风险。经过分析发现MI患者的2个基因含有罕见变异的频率显著高于正常人。携带LDLR（low-density lipoprotein receptor）罕见非同义突变患MI风险比正常人高4.2倍，携带LDLR 无义突变患MI的风险高13倍。大约2%的早期MI患者LDLR基因含有罕见致病突变。携带APOA5基因罕见非同义突变患MI的风险增加2.2倍。与非携带者相比，LDLR突变携带者的血浆LDL胆固醇较高，APOA5突变携带者的血浆甘油三酯较高。总结其它研究结果来看，脂蛋白甘油三酯以及LDL胆固醇代谢紊乱会增加MI患病风险。
图1 (a)通过对9793例样本进行测序发现位于LDLR的罕见变异（包括MAF<1%的包括无义变异、可变剪切变异、移码变异）。(b) 在不同罕见变异分组中患者的LDL胆固醇水平。
参考文献
Do, R., et al., Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature, 2015. 518(7537): p. 102-6.
