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关于m⁶A甲基化研究思路

（1）整体把握m⁶A甲基化图谱特征：m⁶A peak数量变化、m⁶A修饰基因数量变化、单个基因m⁶A peak数量分析、m⁶A peak在基因元件上的分布、m⁶A peak的motif分析、m⁶A peak修饰基因的功能分析

（2）筛选具体差异m⁶A peak和基因：差异m⁶A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m⁶A修饰基因的功能分析、差异m⁶A修饰基因的PPI分析、候选基因的m⁶A修饰可视化展示

（3）m⁶A甲基化组学&转录组学关联分析：Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m⁶A修饰目标基因的筛选策略

（4）进一步验证或后期试验

PS：m6A、m1A、m7G等IP测序法的数据挖掘思路类似

 

一、m6A甲基化图谱分析

（1）m6A peak数量、m6A修饰基因数量的比较

• l  m6A peak数量能反应样本整体的甲基化水平。
• l  但峰数量差异不大并不能说明样本间甲基化图谱没有差异。

肌肉发育不同阶段m6A总数和修饰的基因总数的变化

不同组中检测到的m6A peak总数和m6A修饰基因总数的重叠分析

（2）基因上m6A peak平均数量分析

基因的m6A peak数量分布与差异比较

 

（3）m6A peak在各基因元件上的分布

l  不同基因组元件（5’UTR、CDS和3’UTR）的m6A甲基化水平分布规律不同。

l  特别是在不同物种中，基因元件的甲基化水平可能自身的特点。

一般主要分布在CDS区和3‘UTR区

(4) m6A peak的motif分析

跟物种有关：

动物和酵母主要是RRACH（R = G or A；H = A,C, or U）

拟南芥和番茄主要是UGUAYY（Y = A, G, U, or C）

鸡脂肪组织

 

番茄果实

（5）m6A修饰基因的鉴定和功能分析

m6A修饰基因占所有基因的比例

m6A修饰基因的组间重叠分析