大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
关于m6A甲基化研究思路
（1）整体把握m6A甲基化图谱特征：m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析
（2）筛选具体差异m6A peak和基因：差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示
（3）m6A甲基化组学&转录组学关联分析：Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m6A修饰目标基因的筛选策略
（4）进一步验证或后期试验
PS：m6A、m1A、m7G等IP测序法的数据挖掘思路类似
一、m6A甲基化图谱分析
（1）m6A peak数量、m6A修饰基因数量的比较
肌肉发育不同阶段m6A总数和修饰的基因总数的变化
不同组中检测到的m6A peak总数和m6A修饰基因总数的重叠分析
（2）基因上m6A peak平均数量分析
基因的m6A peak数量分布与差异比较
（3）m6A peak在各基因元件上的分布
l 不同基因组元件（5’UTR、CDS和3’UTR）的m6A甲基化水平分布规律不同。
l 特别是在不同物种中，基因元件的甲基化水平可能自身的特点。
一般主要分布在CDS区和3‘UTR区
(4) m6A peak的motif分析
跟物种有关：
动物和酵母主要是RRACH（R = G or A；H = A,C, or U）
拟南芥和番茄主要是UGUAYY（Y = A, G, U, or C）
鸡脂肪组织
番茄果实
（5）m6A修饰基因的鉴定和功能分析
m6A修饰基因占所有基因的比例
m6A修饰基因的组间重叠分析
m6A修饰基因的功能分析
二、差异m6A peak分析
转录水平 vs. peak富集程度
转录水平 vs. peak数量变化
转录水平倍数变化 vs. peak倍数变化
n 重叠分析
n 九象限图
四、进一步验证或后期试验
关于m6A RNA甲基化研究进一步验证或后期试验的下游实验设计详细内容，敬请关注下期推送！
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域；可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。
大样本量m6A-QTL性状关联分析，传统MeRIP单个样品价格高，通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术，显著提成IP平行性，实现不同样本间相对定量，降低检测成本。
易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术：
技术优势：
研究方向：
m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究
环境暴露与响应：污染、抗逆、生活方式
易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整体解决方案，技术详情了解请致电易基因0755-28317900。
相关阅读：
干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
